中心的目标为建成一流的菌草工程技术研发平台、一流的人才培养基地和一流的合作与服务平台。通过技术创新、工程化和技术集成，成为我国菌草行业的领军者和技术创新的源泉。通过承担国家重大科研项目，开展国内外技术合作交流，培养一批具有生产实践能力的、高素质的菌草工程技术人才，形成菌草工程技术研发的持续创新能力，促进行业科技进步和菌草新兴产业快速发展，同时服务科技扶贫与援外工作。