“国家菌草工程技术研究中心”依托福建农林大学组建。实行管理委员会领导下的中心主任负责制，设立工程技术委员会作为管理委员会的技术和政策咨询部门，另外设置综合管理部、技术研发部、国际合作部、人才培训部、技术推广与服务部等部门支撑“国家菌草中心”的日常运行。